Ubicacion
Uno de los mas modernos y extensos palacios alrededor de la Plaza de Armas de Cusco fue el que pertenecio a Wayna Capac, ese palacio denominado Amarucancha fue adjudicado a Hernando Pizarro después de la invasión española. Posteriormente, la propiedad fue comprada del conquistador por los esposos Diego de Silva y Teresa Orgoñez quienes la donaron a la orden religiosa de los jesuitas en 1571 de modo que pudieran construir su la iglesia. El fundador de la «Orden de la Compañía de Jesús» o la «Orden de los Jesuitas » fue San Ignacio de Loyola, nacido en España en 1491. Los Jesuitas llegaron al Perú en 1568 y justo después de su llegada, empezaron a construir su primera capilla para los «indios» denominada de «Nuestra Señora de Loreto». La iglesia principal que construida después, pero fue destruida por el terremoto en 1650. Se ignora quien diseñó la actual iglesia construida en el lapso de 17 años, e inaugurada en 1668. Los jesuitas se convirtieron en fanáticos materialistas y amasaron fortunas bastante grandes con métodos un tanto malévolos y obscuros razón por la que en 1767, el rey español Carlos III dispuso su expulsión de todos sus dominios en América y la confiscación de todos sus bienes; obras de arte y joyas, cuyos bienes valiosos fueron enviados a España.
Esta iglesia está construida principalmente con piedra andesita y tiene la fachada más hermosa y elaborada entre las iglesias de la ciudad. Sobre su puerta de ingreso, existe un bulto de la Virgen de la Inmaculada Concepción labrada en berenguela que es un material pétreo parecido al mármol. Tiene dos capillas laterales exteriores adosadas a la estructura principal. Hacia el norte, está la capilla de la Virgen de Loreto, la cual desde 1894, es conocida como la Capilla de la Virgen de Lourdes que actualmente aún sirve al culto y donde casi siempre el Señor de Burgos que fue traído de la demolida iglesia de San Agustín es venerado. Hacia el sur la capilla de San Ignacio de Loyola que fue adjudicada a la Sociedad de Artesanos de Cusco está ubicada. Dentro de la Iglesia, hay una sola nave amplia que aloja al fondo el imponente altar mayor tallado en cedro con estilo hibrido por Diego Martinez de Oviedo y completamente dorado con hojas de oro por Cristóbal Clemente hacia 1670, mide 21 metros de altura por 12 de ancho. En la parte central del altar está la imagen en bulto de la Virgen de la Inmaculada Concepción, más arriba un lienzo.
La nave principal ostenta además un transepto que comunica con las dos capillas laterales, seis altares con diversos estilos y un púlpito totalmente dorado. A ambos costados del altar mayor están otros 4 altares de cedro, tres de ellos dorados y bastante ostentosos. Luego de los trabajos de restauración posteriores al sismo de 1986, una interesante y clausurada capilla subterránea fue descubierta casi debajo del altar mayor. En la parte superior, alrededor de los ventanales de alabastro, también conocido como «piedra de Huamanga», están lienzos que representan la vida de San Ignacio de Loyola pintados por Marcos Zapata y su ayudante Cipriano Gutiérrez. Al interior de la edificación, en ambos lados de la puerta principal, hay dos lienzos representando ambos a San Ignacio de Loyola, en uno curando enfermos y en el otro r victorioso sobre los herejes que motivaron la reforma religiosa. En esta zona también están dos lienzos de bastante valor histórico, el de la pared norte representa el matrimonio del capitán español Martin García Oñas de Loyola, sobrino de San Ignacio de Loyola y captor del Inca Tupac Amaru I, con doña Clara Beatriz Qoya, hija de Sayri Tupac y Por lo tanto sobrina de Tupac Amaru I, heredera del Marquesado de Oropesa de cuyo matrimonio nació Lorenza Nusta de Loyola que fue desposada por don Juan de Borja, hijo de San Francisco de Borja, cuyo matrimonio también se representa al otro lado
del mismo lienzo. A un lado de esa pintura los Incas Túpac Amaru, Sayri Tupaq y la princesa Clara Beatriz con vestimenta autóctona están representados y detrás un nativo sosteniendo la «achiwa» que es una especie de sombrilla hecha de plumas multicolores de aves que sólo usaba el Inca. El lienzo de la pared sur representa los matrimonios de Beltrán García de Loyola con Teresa Idiáquez; y de Juan Idiáquez con Magdalena de Loyola.
Hacia el sur de la capilla de San Ignacio de Loyola, esta el local del actual Paraninfo Universitario de la Universidad Nacional de San Antonio Abad de Cusco que originalmente sirvió de local para la Universidad de San Ignacio de Loyola como parte del Colegio de la Transfiguración, creada por bula papal de Gregorio XV en 1621. Luego de ese evento, los Jesuitas fueron expulsados en 1767. Después de ello, el local fue usado como cuartel militar donde padeció prisión José Gabriel Tupac.. Amaru; y después de años fue cedido a la Universidad San Antonio de Abad ya que el Colegio Seminario de San Antonio Abad fue fundado en 1598 en su local de la actual plazoleta de las Nazarenas, donde el Hotel Monasterio está ubicado en la actualidad. Un siglo después, en 1692 una «breve de erección» dada por el Papa Inocencio XII creo la Universidad de San Antonia Abad dependiente del Colegio Seminario.
